抗战胜利后，中国面临两种命运的决战。

民主和反民主的阵线越来越分明。张东荪等人公开主张有一个“第三方面力量”，而马叙伦与一批民主党派的领导人磋商，并提出不应再出现“第三方面”。他宣布，中国民主促进会是不会参加“第三方面”的，中国共产党是“民主阵线有力的前锋部队”。他坚信，中国民主革命的大业只有依靠中共领导下的工农群众来完成。他写诗赠给在交大读书的幼子马龙章，示意其要到工农中，到中共领导的解放区去。　　

诗云：

爝火偏争赤日明，鸺鶹当昼似妖声。每闻盗跖谈仁义，为学夷吾止甲兵。万里磷燃疑纵火，千家巷哭欲崩城。逃秦只是书生事，大业终期在耦耕。　　

1946年6月23日，以马叙伦和阎宝航为代表的上海人民请愿团，赴南京请愿呼吁和平，车抵下关车站时，遭国民党特务的殴打，马叙伦等多名代表身受重伤。中共代表周恩来、董必武等深夜赶到医院慰问。“下关惨案”激起民愤，全国人民奋起声援代表，谴责当局暴行。中共的关怀和人民的声援，极大地鼓舞了全体代表，也使马叙伦更坚定地认识到：人民是推进历史的动力，中国共产党才是中国真正的希望所在。他对周恩来说：“中国的希望，只能寄托在你们身上！”此后，他胸怀必胜信念，公开参加反美蒋的斗争。

基于国民党当局加紧了对爱国民主人士的迫害，1947年底，在周恩来亲自批示下，中共地下党及时安排爱国民主人士转移至香港。到港后，马叙伦积极投入战斗，连续发表《从“正名”说到民主国家的叛逆》《为台湾二月革命周年》等文章，严厉谴责蒋介石集团祸国殃民的罪行，赞扬中共是一个有主义的、为解放绝大多数的工农民众而有武力的集团，是工农民众的救星，是为国家人民而斗争的先锋集团。他还积极与李济深、沈钧儒等民主人士联系，商讨斗争策略。

1948年4月30日，在解放战争迅速发展的形势下，中国共产党发表了《纪念“五一”劳动节口号》（以下简称“五一口号”），宣布并号召：“各民主党派、各人民团体、各社会贤达迅速召开政治协商会议，讨论并实现召集人民代表大会，成立民主联合政府。”

此时，马叙伦从广播中听到“五一口号”，非常兴奋，认为这些口号“给新中国前途带来无限的喜慰”“除反动派以外，都希望即刻看到全文”。香港《华商报》通过电讯获得“五一口号”，立即在报纸显著位置刊登。此刻，聚集在香港的其他各民主党派领袖人物、无党派民主人士都如马叙伦一样情绪高涨。著名的双周座谈会5月1日-2日，连续两天进行讨论，大家积极发言，指出“五一口号”坚持党派协商、联合政府，足见共产党不搞一党专政之诚意，应该在海内外立即发起新政协运动，号召人民起来拥护新政协。与会12人商定，立即联名响应中共“五一口号”，共同促进完成大业，并推举马叙伦起草复电。

5月5日，李济深、何香凝（中国国民党革命委员会），沈钧儒、章伯钧（中国民主同盟），马叙伦、王绍鏊（中国民主促进会），陈其尤（中国致公党），彭泽民（中国农工民主党），李章达（中国人民救国会），蔡廷锴（中国国民党民主促进会），谭平山（三民主义同志联合会），郭沫若（无党派）等在香港的12名民主党派、无党派民主人士联名《各民主党派与民主人士致中共毛主席电》，表示“五一口号”是：“适合人民时势之要求，尤符同人等之本旨”，决心“共同策进，完成大业”。同时《各民主党派与民主人士响应中共“五一”号召的通电》还通电国内外各报馆、各团体并转全国同胞，指出“五一口号”“事关国家民族前途，至为重要”，呼吁全国人民积极响应，“迅速集中意志，研讨办法，以期根绝反动派，实现民主。”

马叙伦在《群众》杂志撰文《读了中共“五一口号”以后》，欢呼“太阳就要出来了”，并说：“这次的口号，是历史上重要的文献，转折时局的曙钟……全国人民一致期望着人民自己的民主政权早一日成立，期望着真正的人民革命的领导者——中国共产党给以启示，现在实现了”。又说：“《五一口号》是对独裁政权下了另一个方式的讨伐令，它震撼了反动的独裁政权和他的集团的魂魄，等于一篇胜利的‘檄文’”。

5月间，马叙伦领导的中国民主促进会在香港单独发表响应中共“五一”口号的宣言，表示：“本会对于中共的‘五一’口号，以十分的兴奋心，同意其号召，并望中国的民主党派，人民团体，社会贤达，起而响应，一致奋斗！”指出“本会誓为实现此高尚目的与中国民主党派，民主团体，民主人士共同奋斗，使新政治协商会议及早召开，进而有步骤地实现召集人民代表大会，成立民主联合政府。”首次公开宣布民进要团结在中国共产党的周围，参加中共领导的爱国民主统一战线。

“五一口号”发布后，新政协会议的筹备进入日程。马叙伦和民进其他领导人，在香港做了大量的、积极的工作。讨论新政协召开的时间、地点、召集人及代表资格等，提出新政协应在解放区以及关内有安全保障的地点召开，认为召集人“当然由中共担任”“可由各党派授权中共召集之”。对于代表资格，主张不论民主党派、人民团体或社会贤达，都必须以其对现阶段民主运动的实际态度和贡献为原则。这些在双周座谈会上得到了一致的赞同，成为各党派的共同意见。7月31日，民进在港理事会第四次会议通过《中国民主促进会拟提出于政治协商会议之行动公约及政治纲领》，此《纲领》的基本精神与1949年新政协会议通过的共同纲领是一致的。

从1948年8月至1949年9月，中共中央组织民主党派领导人和各方面民主人士陆续北上，筹备召开新政协会议，组建民主联合政府，共同建设独立、民主、和平统一的新中国，开启了落实“五一口号”的具体行动。 

马叙伦、王绍鏊、许广平等民进人与其他民主人士、文化精英在中共地下党的安排下，分期分批秘密进入东北解放区。其中，马叙伦与许广平（母子）随第二批民主人士于1948年11月23日夜晚，乘坐挂葡萄牙旗的华中轮离开香港，于12月4日在安东（今丹东）附近的大王家岛登陆，从安东乘火车于12月6日抵达沈阳（11月2日解放）。同日，中共中央东北局、东北行政委员会正式由哈尔滨迁驻沈阳。

截至1949年1月10日，三批秘密从香港北上的民主人士全部到达东北解放区沈阳，入驻铁路宾馆。马叙伦、许广平等在中共东北局负责人陪同下，还到哈尔滨等地参观访问，深入了解解放区的全貌，深受战争的胜利以及政权、土改、经济、文化等方面成就的鼓舞，切身体会到除恶务尽，方能奠无疆之大业，决心为将革命进行到底，建立新中国积极贡献力量。

1949年元旦，毛泽东发表新年献词《将革命进行到底》，针对美、蒋阻止革命发展的企图，表明决不终止革命的态度。1月7日，在河北平山县李家庄的民主人士，联名致电在沈阳的民主人士，表明坚决支持中共的意见。1月14日，毛泽东发表《关于时局的声明》，提出“召开没有反动分子参加的政治协商会议，成立民主联合政府”等实现国内和平的八项和谈条件。1月22日，沈阳方面34位民主人士、李家庄方面21位民主人士共计55人联合发表《我们对时局的意见》的声明，表示：毛泽东先生发表的对时局的宣言，“提出了真正的人民民主和平的八项条件。这正是对于蒋介石所提出的无耻要求的无情反击，我们是彻底支持的”。声明表明，多数民主党派，众多民主人士已经公开站到了中共一边，蒋介石已经成为孤家寡人，所谓“第三条道路”破产，声明也反映了民主人士的空前团结以及在斗争中觉悟不断提高的事实。同日，马叙伦领导下的民进在香港发表《为争取永久和平宣言》，宣布要在共产党的领导下，走彻底的新民主主义革命之路。

1月26日，中共中央东北局、东北政务委员会、人民解放军东北军区以及东北各界人民代表在沈阳举行盛大欢迎会，热烈欢迎为参加新政协而到达东北解放区的各民主党派、各人民团体及无党派民主人士。李济深、沈钧儒、马叙伦、郭沫若、谭平山、蔡廷锴、茅盾、陈其尤、许广平等十几人先后发言。马叙伦做了题为《争取真和平不要马马虎虎妥协的和平》的发言，并即席吟诗两首，其中一首：“一堂敢诩群英会，个个都缘民主来。反动未消怀怒忾，和平有路扫凶埃。后至防风须就戳，末朝封建定成灰。矛头所向无天堑，听取传书奏凯回。”

2月中旬，中共中央特派林伯渠同志到沈阳迎接民主人士入关，共商建国大计。

行前，周恩来委请林交给马叙伦和许广平亲笔信，“彝老、景宋两先生：得电逾月，尚未作复，不能以忙碌求恕，唯向往之心，则无时或已。兹乘林伯渠同志出关迎迓之便，特致歉忱，并祝康健！周恩来  2月14日”

2月23日，马叙伦与其他民主人士一行35人在林伯渠、高崇民、田汉三人陪同下，从奉天驿（现沈阳站）乘“天津解放号”专列于25日抵达北平。3月25日，马叙伦与其他民主党派领导人、无党派知名人士一起，到北平西苑机场欢迎毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来等中共中央领导人从西柏坡进住北平。4月3日，毛泽东主席会见李济深、沈钧儒、马叙伦、谭平山、陈其尤等各民主党派领袖，对国共正在进行的和平谈判情况及今后的方针进行交谈……

不久，新政协筹备会在北平正式成立。6月15日，筹备会第一次会议在中南海开幕，参加会议的有各民主党派、无党派民主人士及人民团体等23个单位、134人。马叙伦以中国民主促进会代表的身份参加会议，并被选为筹备会的常务委员。次日，筹备会常务委员会讨论成立了六个小组，分工负责建立新中国的各项筹备工作。马叙伦担任第六组组长，主持拟定国旗、国徽和国歌方案。他还参加第一组工作，负责拟定出席中国人民政治协商会议的单位及代表名额。马叙伦怀着无限深厚的感情和激昂的热情，为建立新中国倾心尽智完成着各项准备工作。

1949年9月21日，中国人民政治协商会议第一届全体会议隆重开幕，这次会议具有代表全国人民的性质，执行着全国人民代表大会的职权。已经64岁高龄的马叙伦和许广平等代表民进出席大会，并被推选为主席团常务委员。大会上，他代表民进的发言反映了民进人的信念和期待，“用最大的努力，从事于经济建设与文化建设，共同建立光辉灿烂的中华人民共和国。”此刻，马叙伦无限欣慰，他为之奋斗，梦寐以求的真正民主政治实现了。

新中国成立后，马叙伦继续主持民进会务，担任民进中央主席，领导民进为建设繁荣昌盛的新中国努力奋斗。同时，他当选为中央人民政府政务院委员、政务院文化教育委员会副主任、中央教育部部长、第四届全国政协副主席等职……

马叙伦一生清贫动荡、波澜壮阔，经历了清末、民国、新中国三个历史时期。他生前始终认为，中国民主党派的存在和发展，是和共产党的领导分不开的。各民主派都是共产党领导和帮助下的爱国统一战线的一部分，和共产党有着共同的奋斗目标，那就是实现共产主义社会。正是带着这种信念，1958年6月5日，他在还能写字的时候，在病床上坚持写下了“跟着共产党走，才是正道”的最后遗训。这是马叙伦奋斗一生得出的结论，是发自心灵的声音。